Imagej

bit ●Linux 64-bit: illimité

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Images

Plage dynamique (Dynamic range)

Binaire: Fax, Masque

2 (2¹) niveaux de gris 4 (2²) niveaux de gris 8 (2³) niveaux de gris 16 32 64 128 256 (2⁸) niveaux de gris

8-bit: Caméra numérique, Écran d'ordinateur... ...

12 et 16-bit: Caméra CCD, PMT... 32-bit: images déconvoluées...

4 096 (2¹²) niveaux de gris

...

65 536 (2¹⁶) niveaux de gris

...

4 294 967 296 (2³²) niveaux de gris

Type d'image dans ImageJ

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8-bit

●

Les images binaires sont considérées comme des images 8-bit avec seulement 2 valeurs de 0 (noir) et 255 (blanc)

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16-bit 32-bit 8-bit Color

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●

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Images en noir et blanc auxquelles on a appliqué une colorisation artificielle (Lookup Table) Images couleur standard Images dont les couleurs ont été séparées dans leurs composantes rouge, verte et bleu dans un Stack. Images dont les couleurs ont été séparées dans leurs composantes Hue, Saturation et Brillance.

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RGB Color

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RGB Stack

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●

HSB Stack

●

Informations sur l'image

Histogramme

Analyze > Histogram

Linéaire

Représentation de la répartition de l'intensité lumineuse d'une image où l'on porte en abscisse le numéro des niveaux de gris et en ordonnée pour chaque niveau le nombre de pixels ayant l'intensité correspondante à ce niveau.

Logarithmique

Interprétation de l'histogramme

Sous-exposé Normal Sur-exposé Diminution de la plage dynamique

Ajustement de la luminosité et du contraste

Image > Adjust > Brightness/Contrast...

●

Permet d'ajuster la valeur maximum et minimum des pixels et de modifier la brillance et le contraste d'une image. Fonctionne sur tous les types d'images.

●

●

Par contre, pour les images RGB, Color Balance permet de contrôler chaque couleur individuellement Sauf si l'on appuie sur Apply (pour les images 8-bit et couleurs seulement)

●

Ne modifie pas la valeur des pixels.

●

●

Set permet d'entrer directement les valeurs minimum ou maximum.

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Utile pour normaliser plusieurs images.

Opérations sur les pixels

●

Permets de modifier la valeur des pixels selon différentes fonctions mathématiques.

●

Opération ponctuelle : Modifie la valeur d'un pixel sans tenir compte de la valeur des pixels adjacents. Filtres : Modifie la valeur d'un pixel en fonction de la valeur des pixels adjacents.

●

Addition et soustraction

Process > Math > Add...

-125 Original +125

Addition et soustraction = modifie la brillance de l'image

Multiplication et division

Process > Math > Multiply...

X 0.5 Original X2

Multiplication et division = modifie le contraste de l'image

Amélioration automatique du contraste

Process > Enhance Contrast

Calculatrice d'images

Process > Image Calculator...

Add

Add

Peut aussi être fait avec des plugins:

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Color Merge

● ● ●

2 images à la fois Choix de plusieurs couleurs Supporte les images 16-bit Jusqu'à 4 images à la fois Choix de couleur restreint 8-bit seulement

●

RGB Gray Merge

● ● ●

Calculatrice d'images

Add

Subtract

Add

Approche classique

Calculatrice d'image

Gamma (γ)

L'importance du gamma

Influence du gamma

Original B/C Gamma 0.5 Gamma 2

Correction du gamma

Process > Math > Gamma... Plugins > Filters > Gamma scroll

Images Binaires

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Image ne comportant que 2 valeurs possibles, 0 (noir) et 1 (blanc). Ou dans le cas d'ImageJ 0 et 255 Généralement le résultat d'un thresholding ou d'une segmentation. Utilité :

●

●

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Masque : permet d'exclure des parties plus ou moins grandes de l'image lors d'analyse Certaines opérations telles que Watershed ou la détection de structure ne fonctionnent que sur des images binaires.

●

Érosion

Process > Binary > Erode

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L'érosion réduit la taille des objets de 1 ou plusieurs pixels à la fois. Sers principalement à faire disparaître de petits objets dans l'image

●

Dilatation

Process > Binary > Dilate

●

La dilatation augmente la taille des objets de 1 ou plusieurs pixels à la fois. Sers principalement à faire disparaître de petits trous dans les objets

●

Ouverture et fermeture

Process > Binary > Open / Close●

Open:

●

Élimine les petits objets sans affecter la taille des plus gros. Adoucit le contour des gros objets. Équivaut à une Érosion suivie d'une Dilatation « Ferme » les petits trous dans les objets et adoucit leurs contours sans affecter leurs tailles. Équivaut à une Dilatation suivie d'une érosion

●

●

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Close :

●

Ouverture

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Remplir les trous

Process > Binary > Fill Holes

●

Fill