Enzymologie

III) Constitution du sit actif

2-exemples de catalyse

c-glycéraldéhyde 3 phosphate déshydrogénase

Cette enzyme utilise le cofacteur NAD+/NADH

Cette enzyme intervient au niveau de la catalyse

[pic 1]

Homotetramère= 4 sous unités

Etapes de catalyse :

Etape 1 : groupement thiol va faire une attaque nucléophile sur ce carbone

[pic 2]

[pic 3]

Catalyse basique :récupère un proton

Catalyse acide : donne proton

NADH n’est pas spécifique au substrat, il est spécifique à la réaction d’oxydo-réduction.C

’est la partie protéique (enzyme) qui est spécifique au substrat

IV)Régulation enzymatique

Pour que la cellule se porte bien In vivo, il faut que l’activité enzymatique soit régulé. A un moment T certaines enzymes doivent être très actives, actives ou moins actives.

D’une part il existe donc des mécanismes qui régulent l’activité de ces enzymes.

D’autre part il existe des molécules (naturels ou synthétiques) qui peuvent se lier aux enzymes dans le but de les activer ou les inhiber (plus probable)

Il existe des molécules en recherche qui se lient directement aux aa du site actif  et d’autres qu’on utilise en clinique.

1)Les inhibiteurs irréversibles

Ce sont des inhibiteurs qui vont se fixer de manière covalente aux enzymes et les rendre inactives.Ils vont donc se lier de manière covalente aux aa du site actif.

• Le diisopropylfluorophosphate : DIFP

C’est une molécule qui se lie aux OH (hydroxyle) des Sérines

Si une activité enzymatique est inhibée par une DIFP, ça signifie qu’il y’a une Sérine qui participe à la catalyse dans le site actif. [pic 4]

Les pénicillines ont une activité contre les bactéries gram+ (qui ont une peptidoglycane).

Howard Florey Ernst Chain isolent la molécule

-1941 : utilisation clinique

-1965 : James Park et Jack Strominger déterminent le mode d’action

Les pénicillines bloquent la formation de la paroi formé de peptide de 9 acides aminés, ces peptides sont liés entre eux par des glycanes.Cette paroi est donc formé de peptidoglycanes.Les pénicillines inhibent la synthèse des  peptides .Les peptides de 9 aa proviennent de la réaction de 2 peptides de 5 aa

Les penicilline se lient de manière covalente à la sérine du site actif de l’enzyme et empêchant alors l’enzyme de fixer le peptide qui contient la Dalanine(réaction 1) et elle peut plus fabriquer ce peptide.

La pénicilline se lie à l’enzyme car ellea une structure qui ressemble au substrat à l’état de transition.

2) Activation protéolytique

Beaucoup d’enzymes sont synthétises sous la forme de précurseurs inactifs qu’on peut appelés zymogènes.Les enzymes sont actives lorsqu’il y’a un clivage protéolitique, c’est à a dire que des liaisons peptidiques seront coupés et qui vont activés les hormones,récepteurs ou enzymes.C’est un clivage qui est irréversible.

Estomac :

Précurseur     ->  Enzyme

Peptinogène -> pepsine