L'Habilitation À Diriger Des Recherches

s collègues de l'IBCP, nombreux sont ceux qui sont maintenant des amis, pour leur bonne humeur (parfois un peu poil à gratter). Bien évidemment dans un domaine qui se doit d'être à l'interface sont associés à mes remerciements les biologistes (secs ou humides) avec qui j'ai eu l'occasion de collaborer.

SOMMAIRE

CURRICULUM VITAE........................................................................................................................................................ 1 COLLABORATIONS MISES EN ŒUVRE.................................................................................................................... 2 INTRODUCTION................................................................................................................................................................... 3 I.1. CONTEXTE...................................................................................................................................................................... 3 I.1. BASES DE DONNÉES GÉNÉRALISTES EN BIOLOGIE ......................................................................................................3 I.2. BIOINFORMATIQUE STRUCTURALE ...............................................................................................................................4 II - ACTIVITE SCIENTIFIQUE ANTERIEURE......................................................................................................... 6 II.1. DÉVELOPPEMENTS MÉTHODOLOGIQUES.....................................................................................................................6 Méthodes SOPM et SOPMA........................................................................................................................................... 6 Méthode MLRC ................................................................................................................................................................ 6 Développement d'une méthode de modélisation moléculaire sous contraintes. ................................................... 7 Identification de protéines reliées à bas taux d'identité de séquence : notion de compatibilité des structures secondaires........................................................................................................................................................................ 8 II.2. DÉVELOPPEMENTS D'ENVIRONNEMENTS INTÉGRÉS D'ANALYSE DE SÉQUENCES DE PROTÉINES ........................9 Logiciel ANTHEPROT : Une plate-forme conviviale et modulaire........................................................................ 9 Mise à disposition des outils d'analyse de séquences de protéines.......................................................................12 III - COLLABORATIONS BIOLOGIQUES ................................................................................................................14 III.1. III.2. III.3. III.4. III.5. III.6. III.7. COLLABORATION AVEC LE GROUPE DU PR. R. GOODY ........................................................................................14 COLLABORATION AVEC LE GROUPE DU PR. A.J. COZZONE .................................................................................15 COLLABORATION AVEC LE GROUPE DU PR. M. VAN DER REST ..........................................................................17 COLLABORATION AVEC LE GROUPE DU PR. VIVIER ..............................................................................................17 COLLABORATION AVEC LE GROUPE DU PR. G. GILLET ........................................................................................18 COLLABORATION AVEC LES GROUPES DU PR. D. THOMAS ET DU DR. T. HEIDMANN.....................................20 COLLABORATION AVEC LE DR. J.M. JAULT ...........................................................................................................20

IV - PROGRAMME DE RECHERCHE........................................................................................................................22 IV.1. COMPARAISON DES PROPRIÉTÉS DE SURFACE DES MACROMOLÉCULES BIOLOGIQUES ....................................22 IV.2. M ODÉLISATION MOLÉCULAIRE ................................................................................................................................22 Outils automatiques de modélisation moléculaire par homologie.......................................................................22 Incorporation d'informations provenant d'analyse de séquence dans le processus de modélisation moléculaire. ....................................................................................................................................................................22 IV.3. A PPLICATIONS DE LA NOTION DE COMPATIBILITÉ DES STRUCTURES SECONDAIRES ........................................23 Modélisation moléculaire à bas taux d'identité de séquence.................................................................................23 Génomique structurale..................................................................................................................................................24 Phylogénie structurale..................................................................................................................................................24 IV.4. DISPONIBILITÉS ..........................................................................................................................................................24 IV.5. CONCLUSION...............................................................................................................................................................25 V - ACTIVITES D'ENSEIGNEMENT ET D'ENCADREMENT...........................................................................25 VI - DIFFUSION DE L'INFORMATION SCIENTIFIQUE ET TECHNIQUE.................................................26 VII - BIBLIOGRAPHIE ......................................................................................................................................................27 VIII - TITRES ET TRAVAUX..........................................................................................................................................30 VIII.1. THÈSE DE DOCTORAT .............................................................................................................................................30 VIII.2. PUBLICATIONS DANS DES REVUES INTERNATIONALES À COMITÉ DE LECTURE ..............................................30 VIII.3. PUBLICATION DANS DES LIVRES............................................................................................................................31 VIII.4. COMMUNICATIONS LORS DE CONGRÈS.................................................................................................................32 VIII.5. CONFÉRENCE SUR INVITATION..............................................................................................................................35 VIII.6. COMMUNICATIONS ORALES À DES CONGRÈS.......................................................................................................35

VIII.7. SÉMINAIRES..............................................................................................................................................................36 VIII.8. ORGANISATION DE CONGRÈS.................................................................................................................................36 VIII.9. COURS ET SESSIONS DE FORMATION DISPENSÉS .................................................................................................36 VIII.10. A CTIVITÉ D'ENCADREMENT .................................................................................................................................37 VIII.11. CONTRATS DE RECHERCHE ..................................................................................................................................37 VIII.12. A CTIVITÉ DE CONSULTANT - VALORISATION INDUSTRIEL .............................................................................38 VIII.13. DISTINCTIONS........................................................................................................................................................38 VIII.14. DIFFUSION DE LA CULTURE SCIENTIFIQUE - A CTIONS DE COMMUNICATION ET D'ANIMATION .................38 IX - PRINCIPALES PUBLICATIONS RELATIVES AU TRAVAIL PRESENTE..........................................39

Habilitation à diriger des recherches

Christophe Geourjon

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CURRICULUM VITAE Christophe GEOURJON Etat civil :

né le 24 août 1966 à St.-Etienne (Loire) nationalité française célibataire Service national effectué dans le Laboratoire Interrégional de Police Scientifique de Lyon dirigé par le Dr. David (Août 1990 - Juillet 1991).

Adresses

Personnelle : 15, Rue du bâtonnier Jacquier 69 007 Lyon France Téléphone : 04 78 58 10 03 geourjon@asi.fr Professionnelle : IBCP-CNRS UMR 5086 7, Passage du Vercors 69 367 Lyon cedex 07 France Téléphone : 04 72 72 26 47 e-mail : c.geourjon@ibcp.fr

Activité professionnelle :

- Ingénieur de recherche CNRS (IR2) depuis le 1er septembre 1994 au sein de l'Institut de Biologie et Chimie des Protéines (IBCP - CNRS UMR 5086). Thème de recherche : Bioinformatique des protéines.

Diplômes :

- Baccalauréat C, Juin 1984 - DEUG