Le gel de polyacrylamide

Deux gels à 7,5% de polyacrylamide ont été préparés, chacun comportant 10 puits. Le choix du pourcentage de 7,5% de polyacrylamide a été déterminé en tenant compte du fait que plus le pourcentage de polyacrylamide est élevé, plus les pores du gel seront petits, ce qui permettra de séparer les petites molécules. Ainsi, pour l'analyse de protéines, il est courant d'utiliser des gels dont le pourcentage de polyacrylamide se situe entre 7,5% et 15%

Le gel de polyacrylamide se forme par polymérisation, un processus dans lequel des monomères d'acrylamide se lient par des liaisons covalentes en présence d'une petite quantité d'une autre molécule, le bisacrylamide, qui agit comme agent de réticulation. Dans cette configuration, les monomères d'acrylamide se polymérisent pour former de longues chaînes. Le bisacrylamide facilite la réticulation entre ces longues chaînes d'acrylamide, créant ainsi des ponts entre quatre chaînes. Cette réaction de polymérisation n'est pas spontanée, c'est pourquoi un initiateur (persulfate d'ammonium à 10%) et un catalyseur (TEMED) doivent être ajoutés pour déclencher la réaction

Un faible pourcentage de glycérol a été incorporé, car il aide à maintenir l'échantillon au fond du puits lors du chargement du gel.

L’un des gels, nommé gel n°5, a été réalisé avec un gel inférieur (gel de séparation) et un gel supérieur (gel de concentration) stacking gel . L’autre gel, nommé gel n°6, a été réalisé sans gel supérieur, c’est-à-dire sans gel de concentration. Les gels n°5 et n°6 sont présentés en figure

Pour le gel n°5, nous avons versé le gel de séparation (7,5% d'acrylamide) sur les deux tiers inférieurs des plaques d'électrophorèse, puis après polymérisation, nous avons versé le gel de concentration (5% d'acrylamide) sur le tiers supérieur des plaques d'électrophorèse. Pour le gel n°6, nous avons simplement versé le gel de séparation sur toute la surface des plaques d'électrophorèse.

Le phenomene de l’isotachophorèse se produit dans le stacking. Lorsque nous déposons les échantillons dans le puits, ils sont relativement dilués. Il permet de concentrer l'échantillon protéique, ce qui nous fait apparaitre une bande fine dans laquelle tous les échantillons sont concentrés. Cela est dû à la présence d'ions glycinates dans le tampon de migration et d'ions chlorures dans le gel. Ces ions n'ont pas la même mobilité électrophorétique : les ions glycinates, appelés ions d'arrière-garde, migrent très peu dans le stacking. En revanche, les ions chlorures, appelés ions pilotes, migrent très rapidement. Les protéines ont une mobilité intermédiaire entre les ions pilotes et les ions d'arrière-garde. En effet, ces derniers forment deux barrières limites (une devant et une derrière) et les échantillons se retrouvent concentrés à l'intérieur de cette barrière. Il n'y a aucune séparation des protéines dans le staking.