TP : la spécifité des anticorps, immunoglobulines molécules de l'immunité

Voici le TP que nous aurions du faire aujourd’hui. A faire pour mardi  prochain en suivant les contraintes d’une démarche scientifique.

TP               La spécifié des anticorps, immunoglobulines molécules de l’immunité

Mise en situation

Le SIDA une maladie sexuellement transmissible liée à une infection par un virus le VIH. La séropositivité d’un sujet pour le VIH correspond à la présence dans son sérum d'anticorps reconnaissant certaines protéines du virus, les antigènes viraux (par exemple la protéine p24).

Un anticorps ou immunoglouline est une protéine constituée de plusieurs chaînes qui présente des sites de fixation soit à l’antigène soit aux cellules phagocytaires pour que le complexe immun soit éliminé.

La reconnaissance est la liaison spécifique d’un anticorps avec une région de la protéine virale appelée déterminant antigénique. La protéine p24 du virus comporte plusieurs déterminants antigéniques, dont l’un, appelé 5.3, est utilisé dans le test de séropositivité.

On cherche à déterminer, parmi deux anticorps, lequel est spécifique du déterminant antigénique 5.3 de la protéine p24

Matériel à disposition :

• Ordinateur ; logiciels de traitement des séquences : ANAGENE   et RASTOP et leurs fiches techniques, logiciel de traitement de texte

• les fichiers « p24.pdb », « p24_Ac1.pdb » et « p24_Ac2.pdb » lus avec RASTOP.

• le fichier « sida03.edi » lu avec ANAGENE il contient la séquence de la protéine p24 et celle du déterminant antigénique 5.3

Etape 1   Démarche

-Ouvrir dans ANAGENE ou GENIEGEN le fichier « sida03.edi ». A l’aide des fonctionnalités du logiciel, mettre en évidence la région de la protéine p24 qui correspond au déterminant antigénique 5.3 ;

Noter les numéros des acides aminés de la  protéine p24 correspondant à 5.3.

[pic 1]

Ouvrir avec le logiciel RASTOP le fichier « p24.pdb » correspondant à un modèle de la protéine.,

[pic 2]

Expliquer  d’une phrase l’intérêt de connaître la séquence   pour retrouver le déterminant antigénique dans ce modèle de la protéine p24 (chaîne p) présent à l’écran.

Proposez une démarche de résolution pour répondre au problème posé

Etape 2   Manipuler

Ouvrir les fichiers « p24_Ac1.pdb » (p24 liée à un fragment de l’anticorps Ac1) et « p24_Ac2.pdb » (p24 liée à un fragment de l’anticorps Ac2). A l’aide des fonctionnalités du logiciel RASTOP, mettre en évidence les constituants de chaque complexe moléculaire.