Rapport de stage BTS Biotechnologies- Palmier à huile

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RAPPORT DE STAGE

Maxime Menardo

2ème année BTS Biotechnologies

Validation de QTL chez Elaeis Guineensis

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Maître de stage: Virginie Pomiès

4 janvier au 26 février 2016

Entreprise d’accueil: Cirad, 1 Avenue Agropolis, 34398 Montpellier Cedex5

Etablissement: Lycée polyvalent Lumière, 33 ter Rue de Grammont, 70300 Luxeuil-Les-Bains

1. Remerciements

Je tiens à remercier tout particulièrement et à témoigner toute ma reconnaissance aux personnes suivantes, pour l’expérience enrichissante et pleine d’intérêt qu’elles m’ont fait vivre durant ces deux mois au sein du CIRAD:

Monsieur Tristan Durand-Gasselin, qui m’a permis de trouver ce stage et qui a su susciter chez moi de l’engouement pour l’agronomie.

Madame Pomiès Virginie, technicienne de laboratoire faisant partie de l’équipe UMR Agap, pour m’avoir intégré rapidement au sein de l’équipe et de m’avoir accordé toute sa confiance mais aussi pour le temps qu’elle m’a consacré tout au long de cette période, sachant répondre à toutes mes interrogations, sans oublier sa participation au cheminement de ce rapport.

Monsieur Tisné Sébastien, qui m’a apporté beaucoup d’aide quant à la compréhension du projet auquel j’ai participé.

Mes parents pour leur soutien sans faille et leur accueil attentionné et affectueux durant mon stage.

Ma sœur et mon beau-frère qui m’ont aidé et conseillé pour la réalisation de ce rapport écrit.

1. Table des matières

1.        Introduction        1

2.        Présentation de l’entreprise        2

3.        L’unité d’accueil: Unité Mix de Recherche AGAP        3

4.        Le sujet de mon stage        4

4.1.        La plante étudiée: le palmier à huile        4

4.2.        Le projet de recherche        4

5.        Réalisation de mon stage        6

5.1.        Extraction et purification d’ADN génomique en plaque 96        6

5.1.1.        Principe et objectif        6

5.1.2.        Protocole        6

5.1.3.        Résultats        8

5.2.        Dosage des ADN        9

5.2.1.        Principe et objectif        9

5.2.2.        Protocole        9

5.2.3.        Résultats        10

5.3.        Dilutions des ADN        10

5.3.1.        Principe et objectif        10

5.3.2.        Protocole        10

5.3.3.        Résultats        11

5.4.        Distribution des ADN en plaque PCR        11

5.4.1.        Principe et objectif        11

5.4.2.        Protocole        11

5.4.3        Résultats        11

5.5.        Polymerase Chain Reaction (PCR)        11

5.5.1.        Principe et objectif        11

5.5.2.        Protocole        12

5.6.3.        Résultats        14

5.7.        Préparation des plaques pour le séquenceur capillaire        14

5.7.1.        Principe et objectif        14

5.7.2.        Protocole        14

5.7.3.        Résultats        15

5.8.        Analyse des résultats        15

5.8.1.        Principe et objectif        16

5.8.2.        Protocole        16

5.7.3.        Résultats        16

6.        Conclusion        18

1. Abréviations et unités

A:                 Absorbance

ADN:                Acide désoxyribonucléique

ADNg:         Acide désoxyribonucléique génomique

ARN:                 Acide ribonucléique

EDTA:         Ethylène Diamine Tétra-Acétique

PVP 40.000:         Polyvinylpyrrolidone

QTL :                Quantitative Trait Loci

rpm:                 Rotation par minute

SDS:                 Sodium Dodecyl Sulfate

TE:                 Tris EDTA

µL:                micro litre

ng:                 nano gramme

nm:                 nanomètre

M:                 Molaire

Mm:                 milli molaire

µM:                 micro molaire

1. Glossaire

Absorbance:         Grandeur caractérisant le pouvoir absorbant d'une substance pour les radiations monochromatiques et qui est égale au logarithme du rapport de l'intensité lumineuse incidente à l'intensité transmise.

Allèle: Expressions différentes d’un même gène ou de l’information génétique contenue à un locus- marqueur

Amplicon: Fragment d’ADN amplifié par PCR

Microsatellite (SSR): Succession de motifs (très courtes séquences) d'A.D.N. chromosomique, répétés à l'identique et composés chacun de deux à cinq bases.

Fluorochrome : Substance chimique capable d'émettre de la lumière de fluorescence après excitation

Génome: Ensemble du matériel génétique

Génotype: Esemble des caractères génétiques d’un être vivant, qu’ils se traduisent ou non dans son phénotype (ensemble des caractères physiques et biologiques d’un individu

Hétérozygote: Se dit d'un individu dont les deux copies d'un même gène (chacune portée par l'un des deux chromosomes homologues d'une paire) sont différentes.

Homozygote: Se dit d'un individu dont les deux copies d'un même gène (chacune portée par l'un des deux chromosomes homologues d'une paire) sont identiques.

Mésangiosperme: Groupe de plante à fleur

Phénotype : Expression visible des gènes Observation des caractères physique d’un individu

Plante monoïque : Plante qui possède à la fois des fleurs mâles et des fleurs femelles.